60ccm auf Originalem Set-Up

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Das hängt vom Zustand des Motorunterbaus ab. Es macht keinen Sinn einen neuen Zylinder auf einen verschlissenen Unterbau zu setzten.
Bei verschlissenen Lagern und/oder Kurbelwelle ist der Zylinderschliff bald hin und ist dann ebenso verschlissen...

Wie viele Kilometer ist der Motor gelaufen?
Ist Höhenspiel an der KW und allgemeines Spiel an den KW-Lagern?

Ich würde den Motor regenerieren lassen. KW sollte geprüft und ggf. ersetzt oder regeneriert werden, wie auch alle anderen Verschleißteile.
Die normalen Kurbelwellen wie zB. MZA sie anbietet sind ok. und halten der Belastung stand.

PZ kann da sicher auch mit Rat und Tat zur Seite stehn...

Kein Thema! Das Kupplungspaket muss definitiv angepasst werden. Bei der Mehrleistung wird sie ordentlich durchrutschen...

Der Zylinder mit 16er Vergaser sollte doch eher mit einer seriennahen Auspuffanlage, sprich AOA2, gefahren werden, oder?

Ja
Das bringt sonst nichts. Entweder AOA2 oder vlt sogar besser bloß AOA1. Muss man probieren

Wie groß ist den der Innendurchmesser am Auslaß?